而馬總統並用台北和約第十條，認為「台灣人視為中華民國國民」，賴怡忠則強調台北和約第十條用的是（shall be deemed to）「應視為」，不表示台灣人就是中華民國國民，而是處理時要以對待中華民國國民的方式處理來自台灣居民的台日相關業務。如同圖博流亡政府對在達蘭撒拉的居民給予圖博人的身分認可，不能因此推論達蘭撒拉就是圖博的領土一樣。更重要的是台北和約第十二條規定，對於和約有爭議必須由雙方協調，馬英九單方面改變現狀自行解釋和約，使台北和約變成台日關係的引爆點之一，並使中方取得另一個對台主權聲稱的有力武器。而當時日本駐台代表齋藤正樹公開反對馬英九的看法，馬英九惱羞成怒，隨即對日本採取外交報復，導致台日關係降至冰點（產經新聞所用的形容詞），齋藤並在2009年年底在未讓台灣知道的情況下宣布辭職，給馬政府大張旗鼓的「2009年台日特別夥伴關係年」，畫上難堪的句點。若不是311日本大地震後，台灣民間踴躍捐輸日本扭轉了被破壞殆盡的台日政治互信關係，馬政府恐怕會將對日關係帶到無法逆料的危險邊緣。
前駐日代表羅福全則說，當初他在當駐日代表時，有一項重要的工作就是請求日本去歐美國家說明日本對台灣的態度，而在日本政壇方面不論是首相或是大臣都是友台派的政治人物才能出線，親中派的很少出線，羅福全並提到了2007年當陳總統向聯合國提出以台灣的名義加入聯合國，被當時聯合國秘書長潘基文以聯合國2758號決議為片面認定「台灣是中國的一部分」時，美國、日本、加拿大、紐、澳都提出異議，潘基文則改變立場表示今後不再使用「台灣是中國的一部分」(The UN no longer use the phrase “Taiwan is part of China”)。由此可見日美主張台灣維持現狀，就是台灣國際地位未定，默示台灣不是中國的一部分。但馬英九上任之後提出「外交休兵」、「九二共識」甚至到最近的「一國兩區」說，皆讓日本無法理解，日本可能會因此調整區域戰略，並逐漸對馬總統失去信賴關係的現狀，羅福全整體結論就是馬英九政府對日本關係「相當衰退」！
